Nach dem Geschichtsstudium in Hamburg, Wien und Bordeaux volontierte sie beim Deutschlandfunk und berichtete anschließend fünf Jahre als Landeskorrespondentin des Senders aus Mecklenburg-Vorpommern. Als Reporterin und Kommentatorin widmete sie sich ab 2000 in Berlin Themen aus Bildung und Geschichte, der deutsch-deutschen Vergangenheit und den Folgen der deutschen Teilung. Von 2005-2010 arbeitete Jacqueline Boysen als Kulturkorrespondentin im Hauptstadtstudio des Deutschlandradios. Sie berichtete über Bildung und Erinnerungspolitik, beleuchtete ethische, kulturelle und kirchenpolitische Fragen.

Vier Jahre war Jacqueline Boysen Studienleiterin für Politik und Zeitgeschichte an der Evangelischen Akademie zu Berlin. Bis heute vertritt sie die Akademie im Ost-Westeuropäischen Gedenkstättentreffen Kreisau, das einmal im Jahr am historischen Ort Historiker und Ausstellungsmacher zusammenbringt.

2015 wurde Jacqueline Boysen Redenschreiberin. Angestellt in der Bundestagsverwaltung schrieb sie für die Bundestagspräsidenten Norbert Lammert und Wolfgang Schäuble, in dessen Amtszeit sie drei Jahre lang die Stabsstelle der Redenschreiber im Präsidialbüro leitete. Diese Funktion übte sie auch unter Bundestagspräsidentin Bärbel Bas aus.

Im Jahr 2001 veröffentlichte Jacqueline Boysen eine Biographie über Angela Merkel („Angela Merkel – Eine deutsch-deutsche Biographie“, erweiterte Neuauflage 2005). Im Jahr 2010 erschien „Das weiße Haus in Ost-Berlin – eine Geschichte der Ständigen Vertretung der Bundesrepublik bei der DDR“, mit der sie an der Universität Rostock promoviert wurde. Wolfgang Schäubles Band „Grenzerfahrungen – wie wir aus Krisen lernen“ haben Jacqueline Boysen und der Leiter des Präsidialbüros als Koautoren mitverfasst.

Jacqueline Boysen wurde in das Kuratorium der Berliner Stadtmission e.V. und als stellvertretendes Mitglied in den Stiftungsrat der Orte der deutschen Demokratiegeschichte berufen, gewählt ist sie in den Vorstand des EAK Berlin-Brandenburg. Vor allem engagiert sich Jacqueline Boysen mit großer Leidenschaft für die deutsch-französische Freundschaft. 2022 wurde sie dafür in die Légion d´honneur aufgenommen.